Más allá de algunas victorias, Nacional no tiene grandes recuerdos jugando ante equipos chilenos por torneos CONMEBOL en el Siglo XXI.
Por ejemplo, en 2011 fue eliminado por la Universidad de Chile de Jorge Sampaoli en la CONMEBOL Sudamericana, y cuatro años más tarde quedó afuera en la fase de clasificación de la CONMEBOL Libertadores ante Palestino.
Por CONMEBOL Libertadores
1. 20 de febrero de 2001. Deportes Concepción 0 - 0 Nacional. Grupo 3.
2. 11 de abril de 2001. Nacional 2 - 0 Deportes Concepción. Grupo 3. Goles de Nacional: Fabián Coelho (2).
3. 5 de febrero de 2015. Palestino 1 - 0 Nacional. Fase de clasificación.
4. 12 de febrero de 2015. Nacional 2 - 1 Palestino. Fase de clasificación. Goles de Nacional: Germán Lanaro (en contra) y Gastón Pereiro.
5. 6 de mayo de 2021. Universidad Católica de Chile 3 - 1 Nacional. Grupo F. Gol de Nacional: Leandro Fernández.
6. 19 de mayo de 2021. Nacional 1 - 0 Universidad Católica de Chile. Grupo F. Gol de Nacional: Brian Ocampo.
Por CONMEBOL Sudamericana
1. 14 de setiembre de 2011. Universidad de Chile 1 - 0 Nacional. Segunda ronda.
2. 22 de setiembre de 2011. Nacional 0 - 2 Universidad de Chile. Segunda ronda.
3. Primero de agosto de 2012. Iquique 2 - 0 Nacional. Primera ronda.
4. 15 de agosto de 2012. Nacional 4 - 0 Iquique. Primera ronda. Goles de Nacional: Alexis Rolín, Gonzalo Bueno, Álvaro Recoba y Matías Vecino.